Escuela secundaria Anime Simulator es un simulador de juego de estilo anime en el que juegas como Miku, una estudiante que enamorado de senpai, con él estudió en la vieja escuela desde la infancia, pero Senpai siempre quiso practicar kendo, así que se mudó a la mejor escuela de kendo en una pequeña ciudad en Japón. Miku también se mudó a una nueva escuela para estar más cerca de Senpai, pero entre ellos está Monika, una chica yandere que también ama a Senpai y ella ya está saliendo con él. Miku tendrá que ir un largo camino para convertirse en el mejor de la secundaria y finalmente confesar sus sentimientos a senpai.