โรงเรียนอะนิเมะ Simulator เป็นโปรแกรมจําลองเกมสไตล์แอนิเมะ ที่คุณเล่นเป็นมิคู เด็กนักเรียนที่หลงรักเซเนปาอิ เขาเรียนที่โรงเรียนเก่าตั้งแต่เด็ก แต่เซนปาอิมักจะอยากฝึกเคนโด เขาเลยย้ายไปเรียนที่ โรงเรียนที่ดีที่สุดในเมืองเล็ก ๆ ในประเทศญี่ปุ่น มิ กุ ยัง ได้ ย้าย ไป อยู่ โรง เรียน ใหม่ เพื่อ อยู่ ใกล้ เซน แป แต่ ระหว่าง นั้น มี โม นิ กา เด็ก สาว ชาว ยา เด อร์ ซึ่ง รัก เซน ไพ และ เธอ กําลัง นัด พบ กับ เขา อยู่ แล้ว. มิกูจะต้องเดินทางไกล เพื่อเป็นมือดีที่สุดในโรงเรียนมัธยม และในที่สุดก็สารภาพความรู้สึกของเธอกับเซนปาอิ.